Dauerbeobachtungen („Monitoring“) sind unverzichtbar, um Entwicklungen und Veränderungen erkennen zu können und zu dokumentieren. Als Folgeaufgabe aus dem Naturschutzgroßprojekt führt der Förderverein auch Monitoring-Untersuchungen durch, die einerseits der Beschreibung der Landschaft im Wandel der Zeit dienen, vor allem aber auch die Effizienz der eigenen Bemühungen, insbesondere der biotoplenkenden Maßnahmen des Projektes kontrollieren sollen.  Der Schwerpunkt liegt bei der Dokumentation der Vorhaben zur Wasserrückhaltung und Moorrevitalisierung.

Zu folgenden Themen laufen kontinuierliche Erfassungen:

• Wasserstände: Pegelablesung an Seen, Mooren, Fließgewässern und im Grundwasser an 250 Standorten im Naturpark in Zusammenarbeit mit der Naturwacht Uckermärkische Seen
• Gewässer und Moore: wasserchemische Untersuchungen, Sichttiefe (durch die Naturwacht), Vegetation, Fisch- und Libellenmonitoring
• Waldentwicklung: Waldmonitoring noch im Aufbau, Weisergatter-Untersuchungen
• Zustand des Offenlandes: botanisches Monitoring und Dokumentation der Vegetationsentwicklung auf bewirtschafteten Vereinsflächen